بعد از نظم دادن و مرتب‌سازی اقلام در یک نظام منطقی نوبت «پاکیزه‌سازی» می‌رسد. مرحله سوم، «سیسو / seiso» نام دارد که به «تمیزی» ترجمه می‌شود.
بخش عمده‌ای از «پاکیزه‌سازی» براه انداختن کارزاری برای تمیز کردن محیط کار است: جارو کردن، تمیز کردن، دستمال کشیدن، گردگیری، دور انداختن و موارد دیگری از این دست. در اصل، این یکی از اصول اولیه نگهداری از محیط کار است.
با این حال، چیزی که بسیاری از افراد ممکن است متوجه آن نشوند این است که پاکیزه‌سازی نه تنها شامل تمیز کردن، بلکه شامل نگهداری پیشگیرانه نیز می‌شود. بخشی از نگهداری مناسب محیط محل کار اطمینان از این است که تجهیزات به درستی کار کنند. و این به نگهداری مداوم و تعویض قطعات فرسوده و روغن‌کاری برخی قطعات نیاز دارد.
